hi ,
ich hab auch schonmal sowas in der art gemacht - ich hab mir einfach n scharfes taschenmesser genommen und dann einfach den stempel nach und nach ganz vorsichtig abgekratzt , man muss halt schauen das es keine kerben oder ähnliches gibt , aber ich denke mit nem scharfen messer oder vielleicht noch besser einer rasierklinge dürfte das schon ganz gut gehen.
zum markieren kannst du ja dann jeweils einen strich mit verschiedenfarbigen stabilos oder was auch immer nehmen(dürfte wohl die geringste beeinträchtigung darstellen

).
viel erfolg
christian m.